Посмотрите на картинку, на ней показана организация слоев в Photoshop. Вы можете редактировать каждый слой отдельно, не изменяя другие. А если на одном из слоев нет ничего, то он автоматически становится прозрачным. Вы также можете изменять композицию, меняя порядок слоев.

Также вы можете создавать различные корректирующие слои, для придания сложных эффектов изображению.
Фильм «Работаем со слоями» (Флеш-ролик 682 КБ)